超声、CT和MRI等检查手段都适合有子宫内膜异位囊肿的患者，MRI对诊断深部浸润型子宫内膜异位症较超声和CT均更准确，新近兴起的内镜超声诊断肠壁子宫内膜异位症的准确性甚至优于MRI。

而腹腔镜诊断是国内外公认的诊断子宫内膜异位症的最准确的方法，镜下可以看到典型内异症病灶，既可确定诊断，发现可疑病灶时还可以取活体组织检查，镜下看到的病灶约70%能得到病理诊断。