卵巢囊肿的发生可能和环境、饮食、感染、激素等因素有关，可为单一因素所致，也可能是多种因素共同作用所致。

环境与饮食因素在卵巢囊肿的发生和发展中起到了十分重要的作用。环境污染、环境恶变、吸烟和电离辐射等都可能对女性生殖系统产生毒性作用，影响生殖系统的机能，对激素的分泌也会造成干扰。研究指出饮食结构的失衡与过量摄入胆固醇，都可能对女性身体机能造成不利影响，诱发卵巢组织异常增生，导致囊肿的形成。

卵巢囊肿患者体内激素水平存在明显异常现象，提示激素在本病发生和发展中起到了重要作用。

感染对卵巢囊肿的发生也有较大影响，特别是反复发作的盆腔感染，更容易诱发输卵管管壁的增厚，导致炎性渗出，进而影响卵巢正常机能，使得卵巢表面硬化。卵细胞难以正常排出，最终形成囊肿。

此外，手术因素，在子宫腺肌病等妇科疾病患者中，如果采取子宫切除术，可能会诱发卵巢血供障碍，而且生殖系统受损后会使得内分泌紊乱，卵泡生长过度而形成囊肿。在盆腔炎等手术中容易诱发盆腔粘连，使得卵巢及其周边组织发生粘连，影响卵细胞排出，导致囊肿。

生活作息混乱、心理压力过大等因素，可造成机体功能、抵抗力和免疫力下降，导致卵巢疾病和内分泌失调，引起卵巢组织的异常增生从而造成囊肿的发生。

以下的诱发因素卵巢囊肿的患病风险可能增加：1、药物，长期服用克罗米芬等促排卵药物，可导致激素水平发生变化。2、怀孕，激素水平变化导致出现卵巢囊肿的可能性较大。3、家族史，母亲患有卵巢囊肿，其女儿患病的可能性较大。4、子宫内膜异位症，患病风险较高，因子宫内膜细胞可以附着在卵巢上，导致囊肿的形成。5、卵巢囊肿病史，卵巢囊肿可由一个发展为多个。