医学上就根据发病部位的不同把子宫内膜异位症分为三类。

一、内在性子宫内膜异位症：异位的子宫内膜常弥散于整个子宫肌壁，由于内膜侵入引起纤维组织及肌纤维的反应性增生，使子宫一致性胀大。不均匀或局灶性分布者一般以后壁多见，由于局限在子宫一侧，往往使子宫不规则增大，酷似子宫肌瘤。异位内膜随月经周期而改变，但分泌期改变不明显，表示异位的内膜腺体受孕激素影响较小。当受孕时，异位内膜的间质细胞可呈明显蜕膜样变。

二、间质性子宫内膜异位症：异位的内膜仅有内膜间质组织，或子宫内膜侵入肌层后间质组织发展的范围及程度远远超过腺体成分。比较少见，一般子宫一致性增大，异位细胞散布于肌层或集中在某一区域，色黄，常具有弹性橡皮样硬度，在切面往往可以看到索状小虫样突起，就可据以确立诊断。间质性子宫内膜异位症可有肺播散，甚至在切除子宫数年后还能发生。由于这种特点，有人认为间质性子宫内膜异位症是地底恶性的肉瘤。

三、外在性子宫内膜异位症：内膜侵犯子宫以外的组织（包括由盆腔侵犯子宫浆膜层的异位内膜）或器官，常累及多个器官或组织。卵巢为外在性子宫内膜异位症最常发生的部位，占80％，其次为子宫直肠窝之腹膜，包括子宫骶韧带，子宫直肠窝前壁相当于阴道后穹窿部位，子宫颈后臂相当于子宫颈内口处。