关于滴虫性阴道炎的治疗，主要是以药物治疗为主，硝基咪唑类药物是FDA唯一批准的治疗滴虫的药物。硝基咪唑类药物包括甲硝唑、替硝唑和奥硝唑，其主要治疗药物为甲硝唑及替硝唑。因患者可同时有尿道、尿道旁腺、前庭大腺等部位的感染，单纯局部外用药不易彻底治愈，需同时口服全身用药。
 
阴道局部用药可用于辅助治疗顽固性滴虫阴道炎，可使用甲硝唑栓/甲硝唑阴道泡腾片或替硝唑栓/替硝唑阴道泡腾片。中国的指南以及美国的指南都只推荐甲硝唑和替硝唑。任何医生应用其他非硝基咪唑类药物治疗滴虫性阴道炎都是乱用药。可单次大剂量服用或每天两次低剂量服用。

患者可在医生指导下使用以下药物进行治疗。推荐的治疗方案：甲硝唑一日疗法和七日疗法。

孕期滴虫性阴道炎，与胎膜早破、早产、流产、绒毛膜羊膜炎有关，因此应该积极治疗。而孕妇的治疗方法与非孕妇一样，都是口服甲硝唑治疗。推荐采用一日疗法。孕妇不必担心，甲硝唑也是妊娠期B类用药，非常安全。因国内的药物说明书上写着孕妇慎用，因此医生用药会非常谨慎，往往不主动推荐甲硝唑的使用，而常常用一些无关痛痒的药物。如果患者也能了解甲硝唑对孕妇是安全的，那么医生也许就不会有很大的顾虑。

对于迁延不愈或者反复发生的滴虫性阴道炎的治疗相对复杂，甲硝唑一日疗法、七日疗法都达不到效果，需要更大剂量的药物，推荐口服使用对阴道毛滴虫更敏感的替硝唑。